R Polish Team

Beeswarm i boxplot

Dawno nic nie pisałem, z powodu notorycznego braku czasu. Przeszukując zasoby internetu w poszukiwaniu interesujących sposobów prezentacji profili ekspresji genów znalazłem pakiet beeswarm. Jak go wykorzystać można zobaczyć tutaj.

Pasek postępu

Dawno nic nie pisałem, ze względu na brak czasu.

Jak to jednak z czasem bywa, czasem się znajdzie:)

A jeżeli mówimy już o czasie, to warto zobaczyć kilka przykładów pasków postępu. Mogą się przydać jeżeli nasze analizy zabierają trochę czasu. Bezmyślne wpatrywanie się w pasek postępu przynosi wytchnienie i daje znać, że całość, gdzieś  się nie zapętliła:)

http://ryouready.wordpress.com/2009/03/16/r-monitor-function-progress-with-a-progress-bar/

Mój GIT

https://github.com/seventm/GITFUN

Problem z instalacją pakietu biomaRt

Nie będę opisywał tutaj pakietu biomaRt, ponieważ nie mam na to czasu.

Zwrócę jednak uwagę na fakt, iż aby zainstalować ten pakiet pod Ubuntu bądź Debianem należy wcześniej zainstalować dwie biblioteki, a mianowicie:

libxml2-dev oraz libcurl-dev, która jest dostępna np. jako libcurl4-openssl-dev.

Jak zapisać efekt wywołania polecenia systemowego do zmiennej...

Zadanie jest banalnie proste:

x <- system('polecenie_systemowe', intern=TRUE)

Przykładowo, aby uzyskać zapisać nazwę systemowego użytkownika w Linux wystarczy:

x <- system('whoami', intern=TRUE)

Created by Pretty R at inside-R.org

R maile wysyła...

Tym razem znalazłem post o tym jak wysyłać maile za pomocą R'a z załącznikami:

load package
library("sendmailR")
 
 
#use string formatting and your system info to format FROM address
from <- sprintf("<Projekt@%s>", Sys.info()[4])

#Sys.info()[4] - zwraca nazwę komputera
  
to <- "<adres@docelowy.pl>"
subject <- "Temat maila"
 
#Utwórz obiekt list zawierający treść maila (pierwszy element)
#Drugim elementem listy jest obiekt R'a, który chcemy dołączyć do maila.
#Do tego celu wykorzystujemy funkcję mime_part()
body <- list("Mail wysłany za pomocą R'a. Dołączona ramka danych.",
              mime_part(data.frame(x=rnorm(1000),y=rnorm(1000)),name="output"))
 
sendmail(from, to, subject, body, control=list(smtpServer="ASPMX.L.GOOGLE.COM"))

Created by Pretty R at inside-R.org

Źródło:

http://www.ancienteco.com/2012/05/send-emails-with-attachments-from-r.html

Trendy w PubMed...

Jeżeli w naszej prezentacji pragniemy zobrazować trendy w badaniach naukowych z naszej dziedziny to powinniśmy zajrzeć tutaj.

Operacja logiczna na liście macierzy

Jeżeli pewien zbiór danych o characketerze logicznym mamy zapisany jako listę równowymiarowych macierzy, to możemy uzskać podsumowanie w postaci logicznej sumy tych macierzy to możemy wykorzystać funkcję:

ORlist<-function(x){
	res<-matrix(FALSE,nrow=nrow(x[[1]]),ncol=ncol(x[[2]]))
	for(i in names(x)){
		res<-res|x[[i]]
	}
	return(res)
}

Created by Pretty R at inside-R.org